優(yōu)良豬種的持續(xù)選育改良是養(yǎng)豬生產(chǎn)可持續(xù)發(fā)展的源泉，基于重要經(jīng)濟性狀主效基因的分子育種技術成為現(xiàn)代種豬改良的核心手段之一。RYR1（Science, 1991, 253:448-51）、PRKAG3（Science, 2000, 288:1248-51）、IGF2（Nature, 2003, 425:832-836）等成熟的基因育種技術已成功應用于國內(nèi)外種豬選育，在提高種豬生產(chǎn)效能、品質(zhì)，高效剔除遺傳疾患個體方面成效顯著。
江西農(nóng)業(yè)大學動物生物技術國家重點實驗室培育基地科研團隊長期圍繞種豬遺傳改良總體目標，研發(fā)了包括抗K88仔豬腹瀉基因育種技術、多肋骨數(shù)基因育種技術、酸肉改良基因育種技術、健康脂肪酸基因育種技術等在內(nèi)的“省?好?快?多”育種新技術多項，并在國內(nèi)多家大型種豬企業(yè)推廣應用，取得了良好的經(jīng)濟和社會效益。
近年來，基因組學的發(fā)展日新月異。2012年11月，豬高分辨率基因組草圖完成（Nature, 2012, 491:393-8），為因果基因的高效挖掘奠定了重要基礎。豬全基因組高密度SNP芯片的問世和基因組重測序分析成本的不斷下降，使得在基因組水平高通量鑒別目的基因成為可能，同時為基因組選擇技術（Genomic Selection）在豬育種中實現(xiàn)提供了技術保障。
此外，應用大規(guī)?；虮磉_譜定位eQTL和構建基因網(wǎng)絡，揭示基因網(wǎng)絡中效應較大的節(jié)點基因，同時，結合eQTL與全基因組關聯(lián)分析的合并分析，會極大地方便因果基因的搜尋。提高豬的轉基因技術效率，為品種快速引入優(yōu)勢基因或位點以創(chuàng)造高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)的新品系是分子育種的另一種有效手段。
基因組選擇和大量因果突變位點在育種實踐中的應用將成為未來主流趨勢，但難點在于基因組選擇需要構建大群體的參考家系，特定種群的遺傳效應難以代表所有商業(yè)品種（系）的遺傳背景；對于基因與環(huán)境互作效應大、遺傳力低的經(jīng)濟性狀的選育，不管通過基因組選擇還是搜尋主效基因的策略都有一定的難度。未來的種豬遺傳育種應結合數(shù)量遺傳評估技術，形成常規(guī)技術、分子技術、信息技術相結合的綜合新育種技術體系；建立適合種豬改良的育種方案，實現(xiàn)種豬改良理論和關鍵技術的新突破。
